Ein gewisses Spannungsfeld ergibt sich zwischen Datenschutzrecht und dem Hinweisgeberschutzgesetz bzw. der der EU-Whistleblower Richtlinie:
Bei dem Betrieb eines Hinweisgebersystems werden in der Regel personenbezogene Daten der Beteiligten verarbeitet, so dass auch datenschutzrechtliche Aspekte zu berücksichtigen sind. Bei den personenbezogenen Daten ist einmal an die (Auftrags-)Datenverarbeitung an sich sowie an den Hinweisgeber selbst zu denken. Zudem sind etwaige Zeugen oder gar Beschuldigte zu berücksichtigen. Das Hinweisgeberschutzgesetz bzw. die EU-Whistleblower Richtlinie statuieren ausdrücklich, dass die Verarbeitung nur im Einklang mit der Datenschutzgrundverordnung vorgenommen werden darf.

Kein Problem besteht in den Fällen, in denen aufgrund des Hinweisgeberschutzgesetzes bzw. der Whistleblower-Richtlinie eine Pflicht zur Einrichtung eines Hinweisgebersystems besteht, da sowohl die Datenschutzgrundverordnung als auch die Richtlinie eine Rechtsgrundlage für die Verarbeitung und Speicherung bereithält.

Unklar im Hinblick auf die Rechtsgrundlage sind bislang jedoch die Fälle, die nicht der Richtlinie unterfallen, also juristische Personen mit weniger als 50 Angestellten oder Gemeinden mit weniger als 10.000 Einwohnern, die aus eigenem Antrieb eine Hinweisgeberstelle einrichten.

Grundsätzlich bestehen nach der Datenschutzgrundverordnung auch Informationspflichten gegenüber der Person, die von der Meldung des Hinweisgebers betroffen ist. Die Informationspflicht erfährt dabei insoweit eine Einschränkung, als dass durch die Information gegenüber der betroffenen Person der Sinn und Zweck des Hinweisgebersystems unterlaufen würde: Hier droht die Gefahr einer Verdeckung möglicher Straftaten oder Repressalien durch die von der Meldung betroffene Person. Unklar ist bislang nur, ob diese Ausnahme von der Informationspflicht nur zeitlich begrenzt oder uneingeschränkt besteht.

Dies gilt auch für den aus der Datenschutzgrundverordnung resultierenden Auskunftsanspruch der betroffenen Person im Hinblick auf die Identität des Hinweisgebers. Abzuwägen ist, ob dem Betroffenen im Fall des Hinweisgebersystems ein solcher Auskunftsanspruch zusteht oder das Interesse des Hinweisgebers an seiner Anonymität vorrangig ist.